Os primeiros registros do arraial se dão em documentos datados de 1759. Em 1825 foi construída a capela em homenagem a São Francisco de Assis pelo fazendeiro José Bernardes Ferreira Lara. Segundo conta a tradição, foi um pagamento de promessa a São Francisco de Assis, feito por Dona Esméria Angélica da Pureza, esposa do capitão José Bernardes Ferreira Lara, que doou terras para o patrimônio da Capela, juntamente com Felisberto Martins Arruda e Cândida Soares do Rosário. A paróquia foi criada em 9 de maio de 1856. O distrito de São Francisco de Aguapé foi criado em 28 de maio de 1856 pertencente à comarca de Dores de Boa Esperança. O município é formado pelos distritos de Guapé e Araúna.

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